Urszula Nowakowska jest założycielką i dyrektorką warszawskiej fundacji Centrum Praw Kobiet (CPK), wiodącej polskiej organizacji pozarządowej, zapewniającej wszechstronną pomoc kobietom-ofiarom przemocy. Centrum prowadzi kilka lokalnych filii oraz ośrodek pomocy w Warszawie, zapewniający schronienie kobietom oraz kobietom z dziećmi, zmuszonym do ucieczki przed domowym oprawcą. Przez minione 22 lata Urszula Nowakowska wielokrotnie sama interweniowała w przypadkach przemocy wobec kobiet, często osobiście towarzysząc kobietom uciekającym przed agresywnym partnerem w drodze do bezpiecznego miejsca schronienia. Przez cały ten czas z niezwykłą determinacją i odwagą niosła pomoc ofiarom przemocy domowej.
Jeszcze przed założeniem Centrum aktywnie działała na rzecz praw kobiet. W latach 80. w ramach opozycji antykomunistycznej jako jedna z pierwszych podnosiła kwestię praw kobiet w polityce i społeczeństwie. Była współzałożycielką Polskiego Stowarzyszenia Feministycznego (1989) i zabiegała o utworzenie wpływowego ruchu kobiecego, który po upadku komunizmu podjąłby kwestię równości płci jako elementu nowego porządku prawno-politycznego. W 1991 roku uczestniczyła w Waszyngtonie w programie Equal Opportunity and Legal Protection International Visitor Leadership Program; w 1993 roku odbyła trzymiesięczny staż w Kongresie USA. W latach 1992-1995 pracowała w Sejmie w Komisji Konstytucyjnej i Komisji ds. Integracji Europejskiej. Była współzałożycielką utworzonej w 1994 roku Europejskiej Organizacji Kobiet przeciwko Przemocy (WAVE), siatki europejskich organizacji pozarządowych walczących z przemocą wobec kobiet i dzieci; nadal zasiada w radzie doradczej tej organizacji.
Przez kilkadziesiąt lat działalności aktywnie zabiegała o zapisy w prawie zwalczające dyskryminację kobiet; zabiegała też o to, by społeczeństwo obywatelskie stało się kluczowym partnerem rządu w walce z przemocą domową. Jest autorką i współautorką licznych poradników prawnych dla kobiet-ofiar przemocy, raportów dokumentujących naruszanie praw kobiet i dziesiątków artykułów poświęconych tematyce kobiecej. Organizowała szkolenia dla przedstawicieli organów prawa i porządku, sądownictwa oraz działaczy na rzecz praw kobiet. Zabiegała też o ratyfikację Konwencji Rady Europy o zapobieganiu i zwalczaniu przemocy wobec kobiet i przemocy domowej (2011 rok). Jej zasługi w tym zakresie podkreślił były prezydent Bronisław Komorowski przy okazji złożenia podpisu pod konwencją w Centrum Praw Kobiet w Warszawie.
